En la temporada 2011/12, tras la renovación por un año más del acuerdo de filialidad firmado entre ambos clubes en el verano de 2010, el equipo filial bajo la denominación de Burgos B Bupolsa, quedó en el puesto 16.º del grupo VIII de la Tercera División. Tras 4 temporadas entre la Regional Ordinaria y la Regional Preferente y tras dos ascensos, compite finalmente en la Tercera División durante las temporadas 2006/07 y 2007/08. El equipo desaparece en esta última temporada después de descender a Regional Preferente y el club no poder mantenerle en esa categoría.