En cuanto a selecciones nacionales, Motagua es el club hondureño que más jugadores ha aportado a la Selección de Honduras en Copas del Mundo -once en total- y Copas América -seis en total-, y el segundo que más lo ha hecho en Copas de Oro -cuarenta y uno en total-. El récord de máximo anotador o goleador lo había ostentado Antonio Obando durante treinta y dos años, siendo relegado en 2018 al segundo puesto en el podio.
